Netum sorgeva sul Monte Alveria, circondata da mura e valli profonde, e non fu mai presa con la forza. Era un municipium romano, capovalle — capo del suo distretto vallivo — dal periodo arabo in poi, e Ferdinando il Cattolico le conferì il titolo di civitas ingegnosa . Tra il XIV e il XVI secolo fu tra i principali centri culturali, militari ed economici della Sicilia sud-orientale. Alla vigilia del terremoto contava 14.416 case .

Il terremoto del Val di Noto è, secondo gli studi attuali, il più forte evento sismico registrato nella storia italiana. Una prima scossa svegliò la regione il 9 gennaio 1693 ; la scossa principale avvenne l' 11 gennaio alle 13:30 GMT, con una magnitudo di circa 7,4, e le repliche continuarono per oltre tre anni. Solo a Noto morirono circa mille persone. Furono segnalati danni fino a Palermo, Agrigento e Reggio Calabria.

Ciò che seguì fu una lotta politica, i cui atti sono insolitamente dettagliati. Giuseppe Lanza, duca di Camastra , fu nominato vicario generale per la ricostruzione del Val di Noto. Il 15 febbraio il Capitano di Giustizia, Antonino Impellizzeri, convocò un consiglio civico per discutere la ricostruzione. La decisione di cercare un nuovo sito paralizzò tutto. Il 24 febbraio il Vicario Generale destituì le autorità locali e nominò nuovi ufficiali civici: prova di quanto fosse aspramente divisa la città. Il Vicario stesso era favorevole alla ricostruzione sul sito originario; a decidere la questione fu il vantaggio economico dei terreni nel nuovo sito per le famiglie più importanti di Noto. Anche dopo la decisione, le dispute tra i proprietari terrieri rallentarono i lavori.

L'atto che ruppe l'impasse fu di natura religiosa. Il commissario Giuseppe Asmundo fece trasportare l' arca d'argento contenente il corpo di San Corrado , patrono della città, nel nuovo sito. Dove andò il santo, la città seguì.

La nuova Noto fu progettata da un team straordinario: l'ingegnere militare olandese Carlos de Grunenbergh , il matematico netino Giovanni Battista Landolina , il gesuita fra' Angelo Italia e l'architetto militare Giuseppe Formenti . La disposero su una griglia lungo il pendio, con i grandi edifici civili e religiosi disposti lungo un unico asse. Non è una città ricostruita; è una città progettata.

Il XIX secolo diede a Noto il suo apice amministrativo e poi glielo tolse. Perse lo status di capovalle a favore di Siracusa con la nuova riforma amministrativa, poi nel 1837 , a seguito dell'insurrezione carbonara a Siracusa, divenne capoluogo di provincia ; nel 1844 divenne sede di diocesi . Prese parte all'insurrezione siciliana del 1848 — il netino Matteo Raeli, ministro del governo rivoluzionario, andò in esilio a Malta dopo la repressione. Nel 1861 Noto entrò nel Regno d'Italia ancora col titolo provinciale, che tornò a Siracusa nel 1865 .

Anche un evento moderno merita menzione. Il 13 marzo 1996 la cupola e parte della navata della cattedrale di San Nicolò crollarono, risultato di difetti costruttivi originali aggravati dai danni del terremoto di Santa Lucia del 1990 . Il restauro che ne seguì fu tra i più complessi interventi monumentali del secondo dopoguerra in Italia.