Qui sorgeva l'antica Motyca , uno dei più importanti siti preistorici e classici della Sicilia, parte dei domini del tiranno siracusano Gelone nel V secolo a.C. e successivamente sotto Roma. Gli Arabi la conquistarono nell' 844–45 e ne fecero un significativo centro agricolo e commerciale. Sotto i Normanni fu elevata a contea — Gualtieri, un capitano al servizio di Ruggero, fu designato Conte di Modica — e Ruggero d'Altavilla introdusse il culto di San Giorgio , che la città ha conservato da allora.

La data decisiva è il 1296 , quando Federico II d'Aragona concesse a Manfredi Chiaramonte il diploma della contea, nominandolo Conte di Modica e signore di Ragusa, Caccamo, Scicli, Gulfi, Pozzallo e Spaccaforno. Da quel momento la Contea di Modica fu a tutti gli effetti uno stato nello stato: in pratica il Conte di Modica era equiparato al Viceré. Il suo territorio copriva approssimativamente l'odierna provincia di Ragusa, insieme alle baronie di Alcamo e Calatafimi nel trapanese e ad altre città sparse.

I suoi signori si succedettero dai Mosca ai Chiaramonte , ai catalani Cabrera e agli Henriquez-Cabrera , che la detennero fino al 1702 ; la contea fu incamerata nel fisco regio nel 1704 e successivamente reinvestita. Sotto gli Henriquez, che risiedevano stabilmente in Spagna, la contea fu tenuta principalmente per essere sfruttata e la cancelleria di Modica trattava con Palermo tramite un intermediario.

Un episodio merita di essere citato in ogni resoconto onesto di questa città. Il 15 agosto 1474 , durante il periodo dei Cabrera, circa 360 ebrei furono uccisi a Modica: l'episodio più noto e terribile della storia dell'ebraismo siciliano. Se la tradizione della vostra famiglia qui include un'ascendenza ebraica convertita o nascosta, questo è l'evento nel cui contesto si colloca.

La città fu danneggiata da un terremoto nel 1613 e poi colpita dal terremoto del Val di Noto dell'11 gennaio 1693 , che uccise circa 3.400 dei suoi quasi 18.000 abitanti. A differenza di Noto, Modica fu ricostruita nello stesso sito : il tessuto urbano esistente fu in parte ristrutturato, specialmente lungo l'asse di quella che oggi è viale Regina Margherita nella parte alta e lungo il Corso Umberto in quella bassa, dove la nobiltà terriera edificò le proprie nuove dimore barocche. Molti degli ordini religiosi che si erano stabiliti qui nel XVII secolo guidarono la ricostruzione.

La contea cessò di esistere come entità politica e istituzionale nel 1816 , quando i Borbone abolirono il feudalesimo e Modica smise di essere un capoluogo.

L'acqua è l'altra costante. Le gole sotto la città convogliavano torrenti che la inondarono ripetutamente per tutto il XIX secolo e, dopo la disastrosa alluvione del 1902 , i canali furono finalmente coperti. Nel chiostro del Palazzo di Città — l'ex convento di San Domenico — una targa su una delle colonne segna il livello raggiunto dall'acqua.