La storia della città inizia con una grotta. La tradizione colloca qui l'apparizione dell' Arcangelo Michele intorno al 493 : il vescovo ordinò tre giorni di penitenza, al termine dei quali l'arcangelo apparve e gli disse di dedicare la grotta al suo culto. Seguirono ulteriori apparizioni e all'arcangelo fu attribuita la protezione della città durante guerre e invasioni.

Ciò che trasformò un santuario locale in uno europeo furono i Longobardi . Un popolo guerriero fu attratto da un arcangelo guerriero; presero San Michele come loro protettore, dichiararono la grotta il loro santuario nazionale e promossero il culto a Benevento, Pavia, Milano, Brescia e oltre. I pellegrini che vi giungevano lasciarono la loro testimonianza: all'interno della grotta stessa si sono conservate un gran numero di iscrizioni graffite, dalla fine del VI secolo alla metà del IX . Pochi luoghi in Italia conservano una testimonianza continua di graffiti di visitatori comuni per trecento anni.

La città divenne un punto fermo sulle lunghe rotte. I palmieri — pellegrini che scendevano attraverso l'Europa verso le tombe degli apostoli a Roma per proseguire verso il Santo Sepolcro — deviavano per Monte Sant'Angelo prima di imbarcarsi nei porti pugliesi; un'estensione della Via Francigena , la Via Micaelica , arrivava fin qui. I crociati vi si fermavano prima di salpare. Papi, re e imperatori vi giunsero, e per tradizione anche San Francesco . Il santuario sorge sulla linea micaelica che corre dal nord-ovest dell'Europa fino alla Terra Santa, con Mont Saint-Michel e la Sacra di San Michele.

Bizantini, Longobardi, Normanni, Svevi, Angioini e Aragonesi hanno tutti lasciato il loro segno, e il castello porta i nomi di questi ultimi quattro. Attorno al santuario crebbe il complesso monumentale di San Pietro , di cui oggi resta solo la facciata, e accanto ad esso due edifici notevoli: la chiesa di Santa Maria Maggiore , dell'XI secolo circa, con i suoi affreschi; e il Battistero di San Giovanni in Tumba , universalmente chiamato Tomba di Rotari .

Quel nome merita una rettifica, perché viene ripetuto ovunque. L'edificio risale al XII secolo circa , e si è creduto a lungo che contenesse la tomba del re longobardo Rotari — in parte perché una cavità nel pavimento suggeriva l'uso battesimale. Non vi è alcuna prova della sepoltura reale, e l'appellativo è più probabilmente un'errata interpretazione di tumba , che significa cupola. Contiene una pregevole vasca battesimale e sculture raffiguranti la cattura di Cristo.

Tra le montagne sorge l' Abbazia di Santa Maria di Pulsano , un complesso monastico fatto risalire al V secolo e costruito sui resti di un edificio pagano, con i suoi eremi scavati nelle pareti rocciose circostanti; dal 2010 è uno dei Luoghi del cuore del FAI.

La grotta è stata iscritta nella lista del Patrimonio Mondiale dell' UNESCO nel 2011 , come parte dei siti longobardi in Italia, e Monte Sant'Angelo si definisce la città dei due siti UNESCO. L'intero centro storico — il castello, la Tomba di Rotari, Santa Maria Maggiore e i rioni medievali, tra cui il Junno — forma la zona cuscinetto del sito, sotto il nome di Città Micaelica .