Aeclanum si sviluppò sotto i Sanniti nell'attuale contrada Grotte, nella frazione Passo. Nell' 89 a.C. , durante la Guerra Sociale, Silla la distrusse. Roma la ricostruì e fortificò, elevandola a municipium e nel II secolo la rese una colonia — un centro commerciale e di sosta fortificato sulla Via Appia , ben dotato di edifici pubblici.

Con il Cristianesimo divenne sede episcopale e il suo vescovo Giuliano di Eclano fu il più formidabile avversario di Agostino d'Ippona nella controversia pelagiana. Sotto i Longobardi ricadde nel ducato di Benevento, finché l'esercito bizantino di Costante II non la distrusse definitivamente nel 663 .

Ciò che rimase si ridusse a un villaggio chiamato Quintodecimo — il quindicesimo miglio da Benevento. Tra il X e l'XI secolo l'insediamento si spostò ancora, diventando Aquaputrida , e dal XIV secolo Mirabella . I suoi signori si susseguirono dagli Aragona nel 1443 attraverso i Guindazzo, Tomasino, Cossa, Naccarelli e della Leonessa fino a Filippo Bernualdo Orsini , duca di Gravina, finché il feudalesimo non fu abolito nel 1806 .

Poi si spostò un'ultima volta. Il terremoto di Benevento del 1702 la danneggiò gravemente e il terremoto dell'Irpinia del 1732 la rase al suolo, e la città fu ricostruita nel sito che occupa ora. Vittorio Emanuele II autorizzò il nome Mirabella Eclano il 14 dicembre 1862 e concesse il titolo di città il 26 ottobre 1873 .