Il nome deriva più plausibilmente da un proprietario terriero — Leo , il cui genitivo Leonis indicava il terreno come suo. Un'altra lettura lo fa risalire a un antico monumento scolpito con leoni, e qualcosa di esso sopravvive: uno dei due leoni in pietra si trova ancora davanti al municipio. L'altro fu distrutto nel terremoto del 1732.

Questo è il destino del luogo. La chiesa di Santa Maria Assunta , la chiesa madre, risale al XIV secolo ed è stata ricostruita due volte — dopo il 1694 e di nuovo dopo il 1980 . Il santuario di San Rocco nacque come cappella della Madonna del Carmine, fu distrutto nel 1626 e ricostruito intorno al 1638, danneggiato nel 1694 e raso al suolo il 29 settembre 1732 ; ricostruito più grande nel 1737 , fu ridedicato a San Rocco perché si riteneva che il santo avesse liberato la città dalla peste.

Negli anni 1743-46 il territorio di Lioni ricadde sotto il regio consolato di commercio di Ariano , all'interno della provincia del Principato Ultra — un promemoria di quanto si estendesse lontano l'influenza di Ariano nell'Alta Irpinia in materia di commercio.

Poi il 23 novembre 1980 . Il terremoto uccise 210 persone in questo comune, ne ferì 191 e lasciò 4.932 senza casa . La città fu ricostruita secondo un piano redatto successivamente, e con essa fu ricostruito San Rocco — su progetto di Giovanni Muzio di Milano, prima pietra posata il 23 marzo 1985 , inaugurato il 23 marzo 1988 .